Die Diagnose des Pathologen unter Anwendung der Standarduntersuchungstechniken und moderner Methoden (z.B. Immunhistochemie und Molekularpathologie) speziell auch bei der Frage, ob eine Veränderung als gutartig oder bösartig einzustufen ist, ist die Grundlage für die Behandlungsstrategie, aber auch für die Kontrolle des Behandlungsergebnisses.

Bei besonders gelagerten Fällen, in denen während der Operation das Ausmaß und die Radikalität des Eingriffes bestimmt und überprüft werden müssen, wie bei der Entfernung bösartiger Tumoren (z.B. Brustkrebs, Prostatakrebs) werden diese Leistungen in unmittelbarem Kontakt mit dem Operationsteam während der Operation als sog. "Schnellschnittdiagnostik" erbracht.

Als interner und externer Dienstleister der klinisch tätigen Kollegen in und außerhalb des Hauses werden vom Pathologen auch im Rahmen des Qualitätsmanagements und zur Abklärung der Todesursache klinische Sektionen durchgeführt. Die dabei erhobenen Befunde dienen häufig als Grundlage für versicherungsrechtliche Fragestellungen.